Компартментно-кластерный подход и в целом системный анализ и синтез все более активно внедряется в экологию, биологию и медицину. В частности, в теорию распространения инфекционных заболеваний, которая долгие годы ограничивалась только простейшими моделями динамики распространения заболеваний. Однако, такой подход может решать задачи и оптимального проведения противоэпидемических мероприятий и даже обеспечивать правильную диагностику для отдельного больного, выбирать тактику оптимального лечения (и для отдельного больного и для группы больных в случае эпидемий инфекционных заболеваний). В этой связи возникает проблема описания задач оптимального проведения противоэпидемических мероприятий.