Основу третьей глобальной парадигмы составляет теория хаоса-самоорганизации, в которой основное внимание уделяется оценке хаотичной динамике вектора состояния сложной биосистемы с использованием многомерного фазового пространства состояний. В работе представлена сравнительная характеристика эффективности применения традиционных стохастических методов и методов расчёта параметров квазиаттракторов. Показывается недостаточная эффективность стохастики, которая приводит к неопределённости 1-го рода, и значимость методов многомерных фазовых пространств, обеспечивающих решение задачи системного синтеза. Объёмы квазиаттракторов при кинезотерапии у больных с острым нарушением мозгового кровообращения увеличиваются в 5,3 раза на начальной стадии лечения, а затем резко снижаются. Обсуждается необходимость параллельного применения и стохастических методов, и методов теории хаоса-самоорганизации в изучении сложных медико-биологических систем, которые представляют организм человека в виде композиции сложных регуляторных систем.